W Bałtyku występują w ciągu roku trzy rodzaje zakwitów: wiosenny, letni i jesienny. W zakwitach wiosennym i jesiennym biorą udział okrzemki i bruzdnice, natomiast w zakwicie letnim uczestniczą sinice. Zakwit wiosenny rozpoczyna się od zakwitu okrzemek przechodzącego w zakwit bruzdnic i przesuwa się w przestrzeni i czasie tj. zaczyna się w cieśninach duńskich (Kattegacie i Morzu Bełtów) na przełomie lutego i marca, od marca do maja może występować w Basenie Gdańskim, a w maju na Głębi Gotlandzkiej. Jest to największy zakwit bałtycki w roku. Drugim w kolejności jest zakwit letni występujący na przełomie lipca i sierpnia w którym uczestniczą sinice. Niestety, nie jest to szczęśliwy termin dla urlopowiczów wypoczywających nad morzem ponieważ zakwit ten może być toksyczny i uniemożliwia, na szczęście tylko przez kilka dni, kąpiele i przechadzki po brzegu. Szczególnie małe dzieci są narażone na niebezpieczne efekty zetknięcia ze skażoną wodą. W ostatnich dziesięcioleciach obserwuje się coraz intensywniejsze zakwity sinic ale są też lata w których takie zakwity są prawie niezauważalne.

Trzeci, jesienny zakwit, występuje zwykle na przełomie października i listopada i dominują tu okrzemki i bruzdnice, ale gatunki inne niż podczas zakwitu jesiennego. Jest to zakwit o najmniejszej intensywności spośród trzech wymienionych. W okresie zimowym nie ma warunków aby występowały zakwity. Liczba organizmów fitoplanktonowych mocno obniża się i ich zdolność rozmnażania się jest niska. Większość organizmów znajduje się w formach przetrwalnikowych.